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22 septembre 2014 1 22 /09 /septembre /2014 04:46
On en reparle : mise sur le marché de la clé usb pour séquencer des génomes

Planète Nano vous avait présenté, en octobre 2012, une clé USB en cours de développement capable de séquencer des génomes simples en quelques secondes.
La société Oxford Nanopore vient d'officialiser la mise sur le marché de son dispositif USB appelé MinION utilisé conjointement avec le logiciel appelé MinKNOW.
Outre des séquencages basiques, la clé serait également capable de séquencer jusqu'à 150 millions de bases en 6 heures.

Pour l'instant, seuls quelques laboratoires ont pu avoir accès au dispositif. Le prix public n'a pas encore été communiqué mais serait toujours en dessous de la barre symbolique des 1000$.

Liens :

Présentation de la clé USB sur le site d'Oxford Nanopore (lire - en anglais)

Liste des publications scientifiques d'Oxford Nanopore (lire - en anglais)

Présentation de la clé USB MinIon

Démonstration du séquençage ADN

___________________________________________________________

Article paru en octobre 2012 sur Planète Nano :

Dans le film d'Andrew Niccol, sorti en 1997, intitulé "Bienvenue à Gattaca1", on pouvait voir les protagonistes passer des portiques de sécurité en se faisant prélever une micro goutte de sang. Leur génome était instantanément séquencé et le passage accordé ou non.

Ce qui semblait n'être encore à l'époque qu'une lointaine fiction est désormais plus qu'envisageable : la société anglaise Oxford Nanopore Technologies se prépare à commercialiser un appareil nomade, le MinION, muni d'un port usb, capable de séquencer des génomes simples en quelques secondes2.

Nanopore ?
Les nanopores sont des trous à l'échelle nanométrique. En passant dans ces trous, les éléments filtrés vont faire fluctuer une résistance électrique. En analysant ces variations électriques, on peut alors déterminer quel type de molécule est passé par le nanopore. Les plus petits pores, au coeur du système d'analyse développé par l'entreprise anglaise, ne mesurent que 10 nanomètres !

Le MinION and GridION
Cet appareil prometteur sera vendu pour moins de 900 US$.
Ils ont aussi mis au point une version pour les laboratoires, le GridION. Ce dernier sera capable de séquencer un génome humain en quelques heures. Pour mémoire, il aura fallu 15 ans (1989-2004) et un budget proche des 3 milliards de dollars pour finaliser le premier séquençage du génome humain.

Quel avenir pour ce type d'appareils ?
Les applications seront nombreuses. Une simple visite chez votre généraliste vous permettra de déterminer si vous êtes porteur d'une maladie génétique, d'un cancer, ou si vous avez un terrain favorable pour certaines pathologies.
Votre médecin pourra, selon ses analyses, vous prescrire tel ou tel médicament, mieux adapté à votre génome. Nous nous dirigeons à grand pas vers une médecine enfin personnalisée, avec des médicaments dosés et adaptés au besoin réel de chaque individu.

On pourra également, dans le cadre de la lutte anti-terroriste, rechercher et identifier des pathogènes instantanément, ce qui pourrait permettre de sauver rapidement des personnes exposées en leur administrant les bons remèdes. Nul doute que la police criminelle devrait également s'équiper. Ou bien encore, les archéologues vont pouvoir analyser des ossements sur site sans avoir besoin de passer par la case labo.

Liens :
Annonce officielle par Oxford Nanopore (en anglais - lire)
Site d'Oxford Nanopore (en anglais - lire)
Histoire du séquençage du génome humain (Wikipédia - en français - lire)

Notes :
1 petit anecdote concernant le titre du film : le nom GATTACA est composé des initiales des bases azotées de l'ADN (G - A - T - C)
2 certains articles, reprenant une information erronée, mentionnent que le MinION peut séquencer un génome hum
ain en deux heures, ce qui est faux.

On en reparle : mise sur le marché de la clé usb pour séquencer des génomes

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Publié par Viotti Philippe - dans Nano - Biotechnologie
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